Seit 1784 befindet sich Egeskov im Besitz der Familie Bille und fast hundert Jahre später von der aktuellen Familie Ahlefeldt-Laurvig-Bille, die auch heute noch im Schloss lebt.

Ab dem 15. Jahrhundert war Egeskov ein unbefestigtes Dorfgut, das kontinuierlich seine Ländereien erweiterte. Erst als Frands Brockenhuus Egeskov 1545 durch seine Heirat mit Anne Tinhuus übernahm, wurde das Schloss erbaut. Frands Brockenhuus war einer der gebildetsten Männer seiner Zeit. Als Lehnsmann von Nyborg war er einer der vertrauensvollsten Männer des Königs. Frands wurde später zum Reichsmarschall ernannt und war entscheidend am Siebenjährigen Krieg beteiligt, wo er während der Belagerung von Varberg starb. 1569 übernahm sein Sohn Laurids Brockenhuus das Egeskov Schloss nach dem Tod seines Vaters. Er trat in die Fußstapfen seines Vaters und wurde Lehnsmann von Nyborg. Laurids ist besonders in Erinnerung geblieben für seine Härte gegenüber seiner Tochter Rigborg, die er im Schloss in einem Raum einsperrte, bis Laurids starb. Die Verfehlung der Tochter war, dass die junge Rigborg während ihres Dienstes am Hofe von König Christian IV. eine fruchtbare Beziehung mit dem jungen Leutnant Frederik Rosenkrantz außerhalb der Ehe begann.

Die Ulfeldterne in Egeskov
Nach dem Tod von Laurids Brockenhuus übernahm seine Witwe Karen Skram, was den Beginn einer turbulenten Periode in der Besitzgeschichte von Egeskov markierte. Nach der Witwe ging das Schloss an die jüngste Tochter Karen Brockenhuus und ihren Ehemann Hans Pogwisch. Im selben Jahr jedoch wurde das Schloss an die Söhne der älteren Schwester Elisabeth, Jakob und Frands Ulfeldt von Bavelse, übergeben. Sie besaßen Egeskov von 1615 bis 1616, als Laurids und Karens Tochter Birgitte Brockenhuus zusammen mit ihrem Ehemann, Kanzler Jakob Ulfeldt, Egeskov übernahm. Jakob Ulfeldt sicherte sich 1620 Hypotheken auf das Land und das Gut, die bis 1632 in ihrem Besitz blieben, als ihre Söhne die Anteile erbten. Zu diesen Erbensöhnen gehörte einer der Hauptfiguren der Zeit, Corfitz Ulfeldt.

In den 1630er Jahren begann sein Sohn Laurids Ulfeldt, die Anteile seiner Brüder aufzukaufen, und erlangte das volle Eigentum an dem Gut, bevor er es an seinen Schwiegervater Oluf Parsberg weitergab. Parsberg hatte Egeskov nur acht Jahre, woraufhin die Krag-Familie, eine dauerhaftere Familie, Egeskov mehr als hundert Jahre lang besaß.

Die Visionen der Krag-Familie
Otte Krag kaufte 1656 Egeskov von Oluf Parsberg, und in den folgenden Generationen des Besitzes vergrößerte sich das Gut von Egeskov erheblich. Unter dem Enkel, Niels Krag „Der Jüngere“, wurden neue Ideen und Visionen realisiert und beeindruckende, französisch inspirierte Gärten angelegt. In dieser Zeit wurde auch das Labyrinth gebaut und der Damm im Osten angelegt, der eine landseitige Verbindung zwischen dem Schlossgebäude und den Gärten schuf. Bis 1763 war jedoch Niels Krag „Der Jüngere“ Witwer, und sowohl sein Ehemann als auch sein Sohn, Frederik Christian Krag, waren verstorben. Sophie führte Egeskov bis 1784 weiter und gründete das Krag’sche Hospital in Kværndrup sowie Sophie Krag’s Krankenhaus in Vester Skerninge. Insgesamt hatte sie großen Einfluss auf Egeskov und die Entwicklung der Umgebung.

Die Bille-Brahe-Familie übernimmt Egeskov
Im Jahr 1784 verkaufte Sophies Witwe Egeskov an den geachteten Landvogt und Geheimbesehrensrat Henrik Bille. Da seine Familie eng mit der Brahe-Familie auf Fünen verwandt war, wurde vereinbart, dass Henriks Sohn die Brahe-Güter übernehmen sollte, als der letzte Nachkomme der Brahe-Familie, Preben, 1786 ohne Erben starb. Im Jahr 1787 erhielt Axel Frederik das Patent, den Namen und das Wappen der Brahe als Bille-Brahe zu führen. Allerdings verstarb er noch im selben Jahr, sodass sein Vater, Henrik Bille, der Egeskov 1784 übernommen hatte, nun berechtigt war, den Familiennamen und das Wappen ab 1788 weiterzuführen.

Nach dem Tod von Axel Frederik übernahm dessen Sohn Preben Bille-Brahe das Land und Gut von Egeskov sowie die Erbfolge der Brahe-Familie. Preben ließ sich auf Hvedholm Schloss nieder und etablierte sich als einer der größten Land- und Gutseigentümer des Landes. Bis zu ihrem Tod im Jahr 1810 lebte Prebens Mutter, Caroline Agnese von Raben, im Egeskov Schloss. Im Jahr 1798 wurde Preben in den Adelsstand erhoben und gründete das Amt Brahesminde. Später wurde Egeskov als eigenständiges Gut und Baronat für Prebens zweitältesten Sohn, Frederik Siegfred, eingerichtet. 1857 starb Preben Bille-Brahe, und Frederik Siegfred zog ins Schloss ein, was eine Phase der Renovierung und Modernisierung, insbesondere des Inneren des Schlosses, einleitete.

Nach dem Tod von Baron Frederik Siegfred kehrte sein Sohn Frantz Preben Bille-Brahe in den frühen 1870er Jahren mit seiner Frau Camille Sophie af Harmens aus seiner Gesandtschaft in Rom zurück, um das Schloss und die Ländereien weiterzuführen.

Tranekær & Egeskov vereinen sich
1882 übernahmen Jessie und Julius Egeskov. Ihre große Hochzeit im Jahr 1875 vereinte Jessies Bille-Brahe-Familie mit Julius' Ahlefeldt-Laurvig. In ihrer Zeit im Schloss erlebte es eine bedeutende Entwicklung, die mit umfassenden Modernisierungen der Schlossanlagen in den 1880er Jahren und einer Optimierung der Bewirtschaftung des Landes einherging. Dieses Paar legte die Grundlagen für das heutige Erscheinungsbild von Egeskov. Ihr Enkel Gregers öffnete zusammen mit seiner Frau Nonni in den frühen 1960er Jahren den Garten für die Öffentlichkeit. Ihr Sohn Claus führte Egeskov von der Landwirtschaft zum Tourismus, indem er 1967 das Egeskov Veteranenmuseum eröffnete. Claus war auch derjenige, der in Zusammenarbeit mit Piet Hein das heutige Labyrinth errichtete, das nach wie vor ein großer Anziehungspunkt für Besucher ist. Auch das Schloss wurde für Besucher geöffnet.

Heute wird das Schloss von Graf Michael Ahlefeldt-Laurvig-Bille und Prinzessin Alexandra von Sayn-Wittgenstein-Berleburg bewohnt. Seit der Übernahme Anfang der 1990er Jahre hat Graf Michael die Entwicklung des Schlosses vorangetrieben und es zu einem fantastischen Ausflugsziel für die ganze Familie etabliert. Heute zählt das Schloss zu den größten und international anerkanntesten Attraktionen des Landes.