Der Erbauer des Egeskov Schlosses, Frands Brockenhuus, machte keine Kompromisse beim Bau. Morten Bussert, der Baumeister von König Christian III., gilt als der Architekt des Schlosses ab 1554.

In einer Zeit, die durch den Bau von Herrenhäusern als Verteidigungsstrukturen geprägt war, die sowohl ästhetischen als auch praktischen Zwecken dienten, wurde Egeskov errichtet. Diese Architektur erschwerte Eindringlingen den Zugang, was vor allem auf die politische Unruhe und den dänischen Bürgerkrieg, die Grafenfehde in den 1530er Jahren, zurückzuführen war. Frands Brockenhuus sorgte dafür, dass das Schloss auf allen Seiten von Wasser umgeben war.

Nach mehreren Jahren Bauzeit wurde das Schloss 1554 fertiggestellt. Es entstand in einer Zeit des Übergangs zwischen Kunst- und Architektur-Stilen, und man kann die Schlichtheit der Spätgotik sowie die Ordnung und Symmetrie der Renaissance in der Fassade erkennen. Bis heute ist das Egeskov Schloss eines der am besten erhaltenen Wasserburgen Nordeuropas.

Das Schloss besteht aus einem rechteckigen Doppelhaus, das seine Wurzeln im niederländischen oder Schleswig-Holsteiner Baustil hat. Das Gebäude ruht auf einem Pfahlgründung, die wahrscheinlich durch darüber liegende quer gelegte Eichenstämme ergänzt wurde. Diese wurden durch eine obere Schicht aus Mergelstein und Steindichtungen isoliert, wo die Mauern errichtet wurden. Hohlräume zwischen den Stämmen wurden mit Steinen, Erde und Ton gefüllt, um Feuchtigkeit zu halten. Bis heute ist es entscheidend, dass das Holzfundament unterhalb des Wasserspiegels liegt, um Erosion zu verhindern. Der derzeitige Graf, Gregers, hat erwähnt, dass es sieben Isolierschichten im Fundament gibt.

Die beiden Langhäuser sind durch eine einen Meter dicke Mauer verbunden, die sowohl Treppen als auch einen Brunnen enthält. Diese Verbindung ermöglichte es, im Falle eines Angriffs ein Gebäude aufzugeben und die Verteidigung im anderen fortzusetzen. Im Rittersaal ist die massive Mauer deutlich sichtbar. Die Außenwände waren mit Schießscharten und Kochtöpfen versehen, die immer noch deutlich im Treppenturm zu sehen sind. Zwischen 1883 und 1884 erfuhr das Schloss eine bemerkenswerte Erneuerung, die wir heute kennen. Die Giebel und die Türme an den Ecken wurden deutlich erhöht und mit Kupfer gedeckt. Auch Ladegårdsholmen war bereits einige Jahre zuvor geräumt worden, wodurch der Torflügel gebaut werden konnte. Die Restaurierung wurde unter der Leitung des schwedischen Architekten Helgo Zettervall durchgeführt. Heute ist Schloss Egeskov ein denkmalgeschütztes Gebäude.